اعرف أين يمكن استهداف البروتين بالدواء قبل التجربة المخبرية

القرار المطروح

المواقع التفارغية هي أماكن بعيدة عن الموقع النشط يستطيع الدواء من خلالها تبديل عمل البروتين، وعادةً ما تُكتشف بحملات تجارب مخبرية تستغرق شهوراً وتُجرى على كل هدف بدوره.

ما فعلناه، بأساليب خاصة بنا

قرأنا شبكة التلامس في البروتين بوصفها نظاماً مترابطاً، ورتّبنا الأحماض الأمينية بحسب قوة نقلها للاستجابة، انطلاقاً من ملف بنية PDB أو mmCIF وحده. وتحققنا من نموذج المواقع مقابل مراجع دقيقة ومقابل المعرفة البيولوجية المعروفة.

ما كانت قيمته

المُدخل ملف بنية؛ لا حاجة إلى بيانات تجارب

ماذا حدث بعد ذلك

اجتاز نموذج الموقع فحصه مقابل المرجع الدقيق، ضمن 1.4%. وعلى المعيار العام المستقل لا يتصدّر أفضل طريقة حالية، لذا يُقدَّم نتيجةً منهجية دون ادعاء تحسّن في ترتيب الأدوية.

كيف نعرف

1. 01نموذج الاستجابة الجماعية ضمن 1.4% من القيمة الدقيقة عند الحجم الذي جرى التحقق منه (حاسوب كمّي مع محاكاة).
2. 02مساحة تحت المنحنى تصل إلى 0.89 مقابل المعرفة البيولوجية المعروفة.
3. 03في المعيار العام المستقل لا نتصدّر أفضل طريقة حالية، ونقول ذلك بوضوح.
4. 04لا ندّعي: تحسيناً في ترتيب الأدوية.